由于企業經常連續生產工作，反滲透設備也不可避免的要經常停運維護，長時間或短時間停用都有必要采取維護措施，不正確的處理會使膜功能降低。短期保留適用于停運15ｄ以下的體系，可采用每1～3ｄ低壓沖刷的方法來維護反滲透設備。因此在水溫高于20℃時，每2ｄ或1ｄ低壓沖刷一次，水溫低于20℃時，能夠每3ｄ低壓沖刷一次，每次沖刷完后需封閉清水設備反滲透設備上一切進出口閥門。長時間停用維護適用于停運15ｄ以上的體系，這時有必要用維護液(殺菌劑)充入清水設備反滲透設備進行維護。常用異噻唑啉酮20ｍｇ/Ｌ、殺菌劑配方為甲醛10、亞硫酸氫鈉1。

通常2～10個月清潔一次，假如每個月不得不清潔一次，這說明應該改善的預處理體系，調整的運轉參數。假如1～2個月需求清潔一次，則需求進步設備的運轉水平，是不是需求改善預處理體系較難判別。在正常運轉條件下，反滲透膜也許被無機物垢、膠體、微生物、金屬氧化物等污染，這些物質沉積在膜表面上會引起清水設備反滲透設備出力降低或脫鹽率降低、壓差增加，乃至對膜形成不行康復的損害，因而，為了良好的透水和除鹽功能，需求對膜進行化學維護清洗。